L'Acadèmia és regida per la Junta Directiva (també anomenada Comissió General Directiva) que està formada pel President, el Vicepresident, el Secretari General, el Vicesecretari General, el Tresorer, el Comptador, els Directors de les Seccions i el Director de l'Observatori Fabra

Consta de 75 acadèmics numeraris, dels acadèmics que han estat dispensats d'assistència, i d'un nombre indeterminat d'acadèmics corresponents nacionals i estrangers. Aquest darrers, són elegits entre aquelles persones que no tinguin residència habitual a Barcelona o al seu entorn i hagin realitzat treballs de reconegut mèrit científic.

Els acadèmics numeraris estan distribuïts en 7 seccions:

.